Внезапная атака на особняк профессора Ксавьера заставляет мутантов в панике бежать. Выясняется, что за нападением стоит полковник Уильям Страйкер, который ведет охоту на всех обладателей сверхспособностей. Он похищает профессора, используя его разум для поиска местонахождения таинственного острова. Росомаха, Шторм и Джина Грей объединяются с Магнето, который предлагает временное перемирие, чтобы проникнуть в секретную базу Страйкера. Там они обнаруживают лабораторию, где создаются новые мутанты, и узнают о плане полковника уничтожить всех своих сородичей с помощью управляемого Cerebro. В то же время Ночной Змей, сбежавший из той самой лаборатории, присоединяется к команде, чтобы помочь остановить безумного военного. В ходе расследования Росомаха сталкивается с призраками своего прошлого, когда Страйкер пытается использовать его воспоминания для активации смертоносного оружия. На острове мутанты обнаруживают древний дам, который способен стереть человечество с лица Земли, и теперь им предстоит решить, как остановить уничтожение, не пожертвовав собой. Ценой невероятных усилий и жертв, команда срывает план, но сталкивается с новым врагом, который оказывается куда опаснее любого человека.